国家级自然保护区(9个):1、武夷山自然保护区、2、龙岩梅花山自然保护区、3、将乐龙栖山自然保护区、4、漳州南靖虎伯寮自然保护区、5、永安市天宝岩自然保护区、6、武平梁野山南方红豆杉自然保护区、7、云霄漳江口红树林自然保护区、【以下非林业系统】8、厦门珍稀海洋生物自然保护区(白海豚、文昌鱼、白鹭)、9、晋江深沪湾海底古森林自然保护区
省级自然保护区(29个):1、邵武市将石自然保护区、2、建瓯市万木林自然保护区、3、南平茫荡山自然保护区、4、三明格氏栲自然保护区、5、沙县罗卜岩自然保护区、6、永泰藤山自然保护区、7、永春县牛母林自然保护区、8、德化县戴云山自然保护区、19、闽清县黄楮林自然保护区、10、屏南县鸳鸯溪自然保护区、11、宁化牙梳山自然保护区、12、福安市刺桫椤自然保护区、13 、平潭三十六脚湖自然保护区、14、莆田老鹰尖自然保护区、15、莆田沙丘岩自然保护区、16、泰宁峨嵋峰自然保护区 、17、尤溪九阜山自然保护区、18、松溪白马山自然保护区、19、建宁闽江源自然保护区、20、安溪云中山自然保护区、21、长汀圭龙山自然保护区、22、龙海红树林自然保护区、23、明溪均峰山自然保护区、24、明溪君子峰自然保护区、25、大田大仙峰自然保护区、【以下非林业系统】26、长乐市海蚌自然保护区、27、宁德市观井洋大黄鱼繁殖保护区、28、东山珊瑚自然保护区、29、宁化湖村化石自然保护区